Управление и контроль за реализацией целевых программ в Республике Саха (Якутия) осуществляется в соответствии с Порядком разработки и реализации целевых программ Республики Саха (Якутия), утвержденным постановлением Правительства Республики Саха (Якутия) от 4 августа 2001 года N 400.
Контроль за выполнением Программы возлагается на Министерство экономического развития Республики Саха (Якутия), которое взаимодействует с государственным заказчиком - Департаментом по делам народов и федеративным отношениям Республики Саха (Якутия), Министерством финансов Республики Саха (Якутия) и другими органами исполнительной власти, на территории которых проживают коренные малочисленные народы Севера, и информирует Правительство Республики Саха (Якутия) по итогам года о реализации Программы.
Департамент по делам народов и федеративным отношениям Республики Саха (Якутия) координирует работу исполнителей, финансирование мероприятий Программы, привлечение внебюджетных средств, обеспечивает эффективное использование выделяемых средств и введенных производственных мощностей, размещает заказы на поставку продукции для республиканских нужд, выполнение необходимых по Программе научно-исследовательских и опытно - конструкторских работ.
Непосредственным исполнителем Программы является Дирекция строящихся предприятий и целевых программ Департамента по делам народов и федеративным отношениям Республики Саха (Якутия).
Ежегодно Дирекция корректирует перечни строек, мероприятий и планирует вводимые объекты на очередной хозяйственный год, определяет приоритеты, производит привязку выделенных бюджетных лимитов РФ и РС(Я) по объектам, принимает меры по привлечению внебюджетных источников для финансирования Программы, оформляет контракты и договоры финансирования, обслуживает банковские счета, обеспечивает представление отчетов всех уровней в вышестоящие организации. При этом Дирекция финансируется за счет отчислений на содержание службы заказчика в размере 3,14% из поступающих на программу финансовых средств.
Контроль за ходом реализации Программы осуществляет также Союз ассоциаций коренных малочисленных народов Севера Республики Саха (Якутия).