Контроль за ходом реализации программы осуществляется Министерством образования и науки Республики Алтай, Республиканским институтом повышения квалификации работников образования, руководителями органов управления образованием.
Ход реализации программы заслушивается на аппаратных совещаниях, коллегиях Министерства образования и науки Республики Алтай, совещаниях руководителей органов управления образованием, методических служб.