Реализация мероприятий Программы проводится государственным заказчиком (Министерство здравоохранения Республики Алтай) путем централизованного закупа медицинского оборудования из средств республиканского бюджета, а также предполагаемых к выделению средств территориального фонда обязательного медицинского страхования по Республике Алтай на реализацию Программы и его распределение по лечебно-профилактическим учреждениям республики. Также государственный заказчик осуществляет контроль за целевым использованием финансовых средств.