Контроль за ходом выполнения Программы осуществляет заказчик - Правительство Республики Алтай. Министерство по делам ГОЧС Республики Алтай ежегодно представляет данные о ходе реализации Программы Первому заместителю Председателя Правительства Республики Алтай.
Текущее управление Программой осуществляет Министерство по делам ГО ЧС Республики Алтай