Управление реализацией Программы осуществляется Межведомственной комиссией по социальной и трудовой реабилитации лиц без определенного места жительства и занятий и лиц, отбывших наказание в учреждениях, исполняющих наказание, Министерством труда и социального развития Республики Алтай и Министерством финансов Республики Алтай.