К функциям управления в области охраны и использования особо охраняемых природных территорий относятся:
- организация, функционирование и ликвидация особо охраняемых природных территорий;
- организация ведения государственного кадастра и мониторинга особо охраняемых природных территорий;
- государственная экологическая экспертиза по вопросам охраны и использования особо охраняемых природных территорий;
- государственный контроль за исполнением законодательства об особо охраняемых природных территориях;
- разрешение споров в пределах полномочий об особо охраняемых природных территориях.