Взаимодействие с органами военного командования осуществляется через оперативного дежурного штаба Уральского военного округа. Взаимодействие с соседними РЦ осуществляется через Уральский РЦ. Взаимодействие с КЧС соседних субъектов Российской Федерации осуществляется через органы управления ГОЧС этих субъектов.
Начальник ГО БАЭС запрашивает через Главное управление по делам ГО и ЧС Свердловской области необходимые силы и средства, которые прибывают в районы сосредоточения в соответствии с настоящим планом или в зависимости от радиационной обстановки в другое назначенное место.
При необходимости назначаются представители БАЭС для встречи прибывающих формирований. Начальник ГО БАЭС ставит командирам формирований задачи и назначает своих представителей для организации их выполнения, а также для организации взаимодействия с соответствующими формированиями ГО БАЭС. Службы и формирования БАЭС осуществляют оперативное взаимодействие с соответствующими службами Свердловской области по своим планам взаимодействия.