Генеральным заказчиком - координатором программы является Комитет природных ресурсов по Свердловской области.
Программа реализуется путем выполнения входящих в нее конкретных мероприятий. Ежегодно перечень мероприятий уточняется, исходя из финансовых возможностей областного бюджета и их приоритетности. Приоритетность мероприятий определяется Министерством энергетики, транспорта, связи и коммунального хозяйства Свердловской области, Комитетом природных ресурсов по Свердловской области, Главным управлением по делам ГО и ЧС Свердловской области, Государственным комитетом по охране окружающей среды Свердловской области на основании действующих схем комплексного использования и охраны водных ресурсов, результатов инвентаризации гидротехнических сооружений, законов, нормативных актов и других документов, регламентирующих использование водных объектов.
Перечень мероприятий формируется Комитетом природных ресурсов по Свердловской области и утверждается Правительством области. Формирование перечня осуществляется на основании бюджетных заявок, поступающих от муниципальных образований и других заказчиков.
Мероприятия, включенные в утвержденный Правительством области перечень, должны быть обеспечены соответствующей проектно сметной документацией, согласованной в установленном порядке. В случаях, определенных действующим законодательством, проектно сметная документация подвергается экологической экспертизе.
Комитет заключает с исполнителями мероприятий, предусмотренных программой, договоры на выполнение соответствующих работ. Договоры согласовываются Министерством экономики и труда и утверждаются заместителем председателя Правительства по энергетике, транспорту, связи и коммунальному хозяйству области.
Комитет ежеквартально подводит итоги выполнения работ и освоения финансовых средств по мероприятиям в соответствии с утвержденным перечнем. Итоги представляются в Министерство экономики и труда, Министерство энергетики, транспорта, связи и коммунального хозяйства и Министерство финансов Свердловской области. Отчет о выполнении программы по итогам года заслушивается на заседании Правительства области.