На территориях, имеющих особый экологический статус (зона чрезвычайной экологической ситуации, зона экологического бедствия и иные территории), экологический мониторинг является составной частью программ оздоровления территорий. Экологический мониторинг ведется по объектам и факторам, по которым было принято решение о присвоении территории особого экологического статуса, в объемах, достаточных для достоверной и полной оценки эффективности выполняемых природоохранных мероприятий и программ.