Правовую основу деятельности комиссий составляют Конституция Российской Федерации, Конституция Республики Алтай, федеральные законы, нормативные правовые акты Российской Федерации, нормативные правовые акты Республики Алтай, а также Генеральное соглашение между общероссийскими объединениями профсоюзов, общероссийскими объединениями работодателей и Правительством Российской Федерации на 2002-2004 годы.