Органы финансового контроля администрации округа и Собрания депутатов Ненецкого автономного округа осуществляют взаимосвязь и координацию своей деятельности и служб ведомственного контроля окружных органов исполнительной власти.
Координацию деятельности финансового контроля от имени Собрания депутатов Ненецкого автономного округа осуществляет контрольно-счетная палата Собрания.
Координацию деятельности финансового контроля от имени администрации округа осуществляет Управление финансов Ненецкого автономного округа.