До 1 января 2009 года Программы утверждаются Государственной Думой автономного округа.
С 1 января 2009 года в соответствии со статьёй 179 Бюджетного кодекса Российской федерации, вступающей в силу с 1 января 2009 года, долгосрочные целевые программы (подпрограммы), реализуемые за счёт средств окружного бюджета, утверждаются высшим исполнительным органом государственной власти автономного округа - Администрацией автономного округа.