Общий контроль за реализацией Программы осуществляет вице-губернатор автономного округа.
Управление внутренних дел автономного округа несет ответственность за выполнение Программы, рациональное использование выделяемых бюджетных средств, осуществляет контроль за исполнителями Программы, ведет отчетность по ее реализации.
Департамент по управлению государственной собственностью автономного округа осуществляет учет, контроль за использованием по целевому назначению и сохранностью всего приобретаемого за счет средств окружного бюджета имущества в рамках реализации Программы.
При необходимости департамент экономики и инвестиционной политики и департамент финансов Администрации автономного округа организуют экспертные проверки хода реализации Программы, обращая особое внимание на выполнение сроков реализации программных мероприятий, на целевое и эффективное использование выделяемых средств и на конечные результаты. По результатам экспертных проверок подготавливаются предложения о целесообразности продолжения работ и корректировке объемов финансирования.