В пределах водоохранных зон и их прибрежных защитных полос запрещаются:
- все виды рубок, кроме рубок реконструкции древостоев, санитарных рубок, рубок ухода и прочих рубок (без права вырубки дуплистых деревьев и деревьев, пригодных для гнездования хищных птиц, занесенных в Красные книги), проводимых по ходатайству органов лесного и водного хозяйства, охотохозяйственных и рыбохозяйственных организаций в целях усиления их водоохранной роли и улучшения их качества как среды обитания диких животных, эти рубки проводятся с разрешения специально уполномоченного государственного органа автономного округа по охране окружающей среды Ямало-Ненецкого автономного округа под контролем его территориальных подразделений;
- строительство промышленных предприятий;
- проведение авиационно-химических работ и наземных способов применения ядохимикатов и минеральных удобрений, устройство площадок для заправки ими аппаратуры и агрегатов, а также устройство взлетно-посадочных полос для ведения авиационно-химических работ;
- размещение животноводческих комплексов, ферм и оросительных систем с использованием навозосодержащих сточных вод, мест захоронения и складирования навоза;
- устройство складов горюче-смазочных материалов, гаражей, заправка топливом, мойка и ремонт автотракторного парка;
- устройство мест складирования, захоронения промышленных, бытовых и сельскохозяйственных отходов, кладбищ и скотомогильников, накопителей сточных вод;
- мочка мочал и кож.
В пределах прибрежных полос, кроме того, запрещается:
- распашка земель;
- выпас и организация летних лагерей скота, кроме использования традиционных мест водопоя;
- любое применение ядохимикатов и удобрений;
- любое строительство и расширение существующих объектов, в том числе баз отдыха, палаточных городков, а также работ по добыче полезных ископаемых, землеройных и других работ без согласования со специально уполномоченным государственным органом автономного округа по охране окружающей среды.
Использование территории водоохранных зон для строительства баз отдыха, санаториев в виде исключения может быть допущено в каждом отдельном случае специальными решениями Правительства Российской Федерации или администрацией автономного округа после государственной экологической экспертизы такого строительства.