На территории микрозаповедников запрещаются все виды хозяйственной деятельности (включая рекреационную), все виды рубок леса, распашка земель, применение химических и биологических средств борьбы с вредителями леса и сельского хозяйства, удобрений и ядохимикатов.
Особенности режима, использования в научных и природоохранных целях конкретного микрозаповедника и его охраны определяются положением, принимаемым администрацией автономного округа (для микрозаповедников окружного значения) либо соответствующим органом местного самоуправления (для микрозаповедников местного значения) по согласованию со специально уполномоченным государственным органом автономного округа по охране окружающей среды.