К функциям управления в области охраны и использования особо охраняемых природных территорий относятся:
- решение вопросов организации, функционирования и ликвидации особо охраняемых природных территорий;
- организация ведения кадастра и мониторинга особо охраняемых природных территорий;
- государственная экологическая экспертиза по вопросам охраны и использования особо охраняемых природных территорий;
- государственный контроль в сфере функционирования и охраны особо охраняемых природных территорий;
- разрешение споров об особо охраняемых природных территориях в процессе управления.