Счетная палата автономного округа при осуществлении своей деятельности взаимодействует с органами ведомственного контроля, использует материалы их работы, привлекает в установленном порядке наиболее квалифицированных сотрудников к отдельным проверкам и обследованиям, к подготовке экспертных заключений и аналитических материалов.