Совет осуществляет следующие функции:
2.1. Подготавливает предложения по нормативно-правовому регулированию и рекомендации по сохранению водных биоресурсов, а также по организации и регулированию промышленного, спортивного и любительского рыболовства и прибрежного рыболовства (за исключением анадромных, катадромных и трансграничных видов рыб).
2.2. Подготавливает предложения о распределении квот добычи (вылова) между лицами, у которых возникает право на добычу (вылов) водных биоресурсов.
2.3. По представлению контролирующих органов заслушивает на заседаниях Совета и вносит предложения по приостановке действия или аннулированию разрешений пользователей на вылов (добычу) водных биоресурсов, допустивших грубые или неоднократные нарушения Правил рыболовства, а также имеющих задолженности по налоговым и другим обязательным платежам в бюджеты всех уровней.
2.4. Создает в необходимых случаях рабочие группы для изучения и принятия оперативных решений по вопросам организации рыболовства и использования промысловых участков.
2.5. Рассматривает спорные вопросы между рыбохозяйственными организациями Ростовской области в пределах своей компетенции.
2.6. Вносит на рассмотрение Губернатору Ростовской области предложения по вопросам использования, сохранения и воспроизводства водных биоресурсов, требующие принятия мер на федеральном уровне.