Оценка эффективности реализации направления подпрограммы обеспечивается достижением предупреждения заболеваемости особо опасными инфекциями, снижением заболеваемости природно-очаговыми инфекциями до спорадических случаев, стабилизацией заболеваемости Крымской геморрагической лихорадкой на уровне, не превышающем показателя заболеваемости 2008 года (1,9 случая на 100 тыс. населения).
Предполагается, что общий экономический эффект от реализации мероприятий направления подпрограммы будет достигнут за счет предупреждения и снижения заболеваемости, инвалидности и смертности населения при инфекционных заболеваниях.
Социальная эффективность реализации мероприятий направления подпрограммы будет выражена в снижении уровня заболеваемости населения инфекциями, социальной и психологической напряженности в обществе вследствие угрозы распространения инфекционных заболеваний.