В соответствии с географией биоразнообразия, наличием редких и исчезающих видов флоры и фауны, ландшафтов и действующих законодательных и нормативных документов выделено пять функциональных зон. Они отличаются характером использования территории и степенью ограничения антропогенной нагрузки.
В пределах природного парка "Донской" выделены следующие функциональные зоны:
природоохранная зона;
буферная зона;
зона рекреации;
туристско-административная зона;
агрохозяйственная зона.
Зоны выделены с учетом мест концентрации биологического разнообразия, в том числе видов флоры и фауны, подлежащих охране. Также учитывались хозяйственное состояние территории, традиции и уклад жизни местного населения, предполагаемое освоение и использование территории природного парка.
Природоохранная зона включает особо ценные в экологическом и научно-познавательном отношении природные комплексы парка и обеспечивает условия для их сохранения.
Буферная зона - территория, отделяющая природоохранную зону от других функциональных зон и предназначенная для защиты природных резерватов от непосредственных воздействий, образуемых различными видами деятельности на территории других функциональных зон, а также создания строго регламентируемых экскурсионных и прогулочных маршрутов.
Рекреационная зона предназначена для организации кратковременного и длительного отдыха в природных условиях, создания экологических учебных и туристических троп, экскурсионных и прогулочных маршрутов различной продолжительности.
Туристско-административная зона охватывает земли поселений, расположенных на территории природного парка, и предназначена для поддержания благоприятной для проживания среды и организации сервисного обслуживания населения и посетителей парка.
Агрохозяйственная зона предназначена для создания благоприятной среды для проживания местного населения, а также производства сельскохозяйственной продукции.