Оценка эффективности реализации направления подпрограммы осуществляется на основе достижения снижения заболеваемости природно-очаговыми инфекциями (туляремией, сибирской язвой, бешенством, лептоспирозом), управляемыми средствами специфической иммунопрофилактики, до спорадических случаев.
Предполагается, что общий экономический эффект от реализации мероприятий направления подпрограммы будет достигнут за счет снижения заболеваемости, инвалидности и смертности населения при инфекционных заболеваниях.
Социальная эффективность реализации мероприятий направления подпрограммы будет выражена в снижении уровня заболеваемости населения инфекциями, социальной и психологической напряженности в обществе вследствие угрозы распространения инфекционных заболеваний.