При обезвреживании нефтесодержащих отходов любым из указанных методов (как правило, на начальных стадиях, на этапах транспортировки, погрузки в реактор и т.п.) происходит загрязнение атмосферного воздуха в связи с испарением легких углеводородов с поверхности отхода.
Предотвращение миграции токсикантов (углеводородов и соединений тяжелых металлов) с площадок производства работ по обработке, утилизации и обезвреживанию нефтесодержащих отходов в сопредельные среды (геологическую среду, подземные воды и т.п.) должно выполняться посредством гидроизоляции этих площадок, оснащения водосборными системами и с локальными очистными сооружениями (при необходимости) и прочих природоохранных устройств.