В крупных городских агломерациях сохраняются проблемы перегруженности улично-дорожной сети и подходов к городам, комплексное развитие городского и пригородного транспорта общего пользования и интермодальных пассажирских перевозок находится на начальной стадии.
Для городского пассажирского транспорта общего пользования в условиях значительного числа городских агломераций характерны высокая степень дублирования маршрутной сети, изношенный парк подвижного состава, низкая регулярность сообщения (несоблюдение водителями расписаний и самовольные уходы с линии) и преобладание подвижного состава малой вместимости.
По состоянию на 2020 год парк автобусов в Российской Федерации насчитывает 850,9 тыс. единиц, включая микроавтобусы. Средний возраст автобусного парка - 16,5 года. 46 процентов всех автобусов старше 10 лет. Более того, парк транспортных средств городского транспорта насчитывает 7,7 тыс. единиц трамвайных вагонов, 9 тыс. единиц троллейбусов и 8,1 тыс. единиц вагонов метрополитена.
Недостаточными темпами развивается магистральный каркас городского пассажирского транспорта. Низкий уровень транспортного планирования в городах, отсутствие единых подходов к формированию маршрутной сети и недостаточность мер по приоритету движения транспорта общего пользования приводят к его неэффективной работе и росту нагрузки на улично-дорожную сеть.
В целом отмеченные выше проблемы ведут к неудовлетворительному качеству транспортного обслуживания городского населения.
Кроме того, необходимо отметить низкую микромобильность населения, а также недостаточно развитую велосипедную инфраструктуру, которая наряду с использованием средств индивидуальной мобильности имеет значительный потенциал для развития транспортных систем городов с соответствующими климатическими условиями.
Во многих городах отсутствует достаточная инфраструктура для движения пешеходов, что значительно ухудшает качество городской среды для граждан.
Автобусный парк, используемый в агломерационных и дальних пассажирских перевозках, нуждается в обновлении. Для замены автобусов в крупнейших агломерациях (старше 15 лет) необходимо закупить 36 тыс. автобусов, по мере устаревания парка необходимо обновление дополнительных 27 тыс. транспортных средств.
Парк подвижного состава прочих видов транспорта также нуждается в обновлении. В большинстве агломераций средний возраст парка трамваев превышает 20 лет (Омск - 26 лет, Челябинск - 29 лет, Барнаул - 30 лет), средний возраст троллейбусов составляет 23 года.
В городах не внедрены зоны для движения транспортных средств высоких экологических классов, при том, что механизм внедрения указанных зон установлен на федеральном уровне.