Загрузка многих железнодорожных линий близка к пределам эффективного использования пропускной способности. Доля участков с наличием узких мест превышает 10 процентов по протяженности, а электрифицирована только половина от общей протяженности железнодорожных линий. Особенно остро эта проблема проявляется на Восточном полигоне, где текущая пропускная и провозная способность Байкало-Амурской и Транссибирской железнодорожных магистралей не позволяют в полной мере обеспечить перевозку грузов промышленных компаний по указанным железнодорожным магистралям.
На конец 2020 года протяженность участков с просроченным сроком ремонта составляет 23,9 тыс. километров, или 17 процентов протяженности развернутой длины железнодорожных путей.
В грузовых перевозках сохраняются инфраструктурные ограничения на транзитных и ключевых экспортных направлениях, особенно остро они могут проявиться с учетом ожидаемого дальнейшего роста транзитных контейнерных перевозок на направлении Восток - Запад. В целом прогнозируемый рост контейнеризации на железнодорожном транспорте с 8 процентов в 2019 году и 11 процентов в 2020 году до 35-45 процентов в 2035 году (без учета угля, руд и минерально-строительных материалов) требует предусмотреть удовлетворение будущего спроса на контейнерную инфраструктуру.
В сфере нормативного регулирования отсутствуют действенные механизмы обеспечения загрузки создаваемых объектов железнодорожной инфраструктуры. Требуется совершенствование законодательства в области беспилотного вождения, цифровизации, функционирования высокоскоростных магистралей.
Сохраняются диспропорции в условиях работы отдельных видов транспорта (в части государственной поддержки, экономического регулирования, содержания инфраструктуры).
Остаются нерешенными вопросы приведения основных фондов в нормативное состояние.
Структура грузооборота железнодорожного транспорта обусловливает необходимость развития пропускных и провозных способностей железнодорожных участков, которое потребует новых технологий, технических решений и средств управления движением для инфраструктуры, включая инфраструктуру электросвязи, а также видов тягового подвижного состава, вагонов и инфраструктурных решений. При этом развитие пропускных и провозных способностей железнодорожных участков не должно нивелировать необходимость обновления тягового парка в целом.
Существующая тарифная модель как в сфере грузовых, так и пассажирских перевозок не отвечает социально-экономическим вызовам, изменениям в структуре российской экономики, что создает угрозы для реализации социально значимых задач в железнодорожной отрасли и риски недофинансирования текущей деятельности и инвестиций.
В сфере пассажирских перевозок сохраняется ценовое давление других видов транспорта, при этом низкая маржинальность пассажирских перевозок в целом приводит к дефициту собственных средств не только на развитие (включая развитие инфраструктуры и приобретение подвижного состава), но и на обеспечение текущей деятельности.
В стране по-прежнему отсутствует высокоскоростное железнодорожное сообщение. При этом другие виды транспорта динамично развивались, что в совокупности с ограничениями железнодорожной инфраструктуры привело к снижению удельного веса железнодорожного транспорта в объемах перевозок пассажиров в дальнем следовании. Так, доля железнодорожного сообщения в общем объеме перевозок пассажиров в дальнем следовании сократилась с 43 до 30 процентов за рассматриваемый период. При этом объем перевозок пассажиров железнодорожным транспортом в дальнем следовании вырос на 2 процента (с 114,5 млн. пассажиров в 2010 году до 116,5 млн. пассажиров в 2019 году).
Среди проблем железнодорожного транспорта необщего пользования выделяются такие, как отсутствие единой прозрачной системы тарифного регулирования, создающей стимулы и возможности для обновления подвижного состава, категорирование субъектов железнодорожного транспорта необщего пользования, определение статуса оказываемых услуг, порядка и критериев разграничения между путями общего и необщего пользования.
Особо выделяется проблема обновления парка тягового подвижного состава и продления его срока службы у предприятий промышленного железнодорожного транспорта. Значительная часть парка локомотивов находится за пределами назначенного срока службы (без учета дополнительного срока службы после продления) и потребует замены на горизонте до 2035 года.