Ключевыми вызовами, стоящими перед морским транспортом Российской Федерации, являются:
обеспечение стратегической безопасности экспорта морским транспортом (98 процентов экспорта грузов осуществляется судами под иностранным флагом);
несбалансированность производственных мощностей по отдельным видам грузов. Например, отсутствие достаточных мощностей для перевалки железной руды, зерна и минеральных удобрений в Северо-Западном бассейне, при этом существенный избыток мощностей для генеральных грузов;
дефицит глубоководных морских портов для обработки крупнотоннажных судов. В крупнейших российских портах все еще остаются ограничения по осадке судов (Новороссийск - 13 метров, Туапсе - 12 метров, Санкт-Петербург - 11 метров, Высоцк - 13,2 метра);
ограниченная пропускная способность железнодорожной инфраструктуры на подходах к портам, особенно на Восточном полигоне;
отсутствие или недостаточная мощность в российских портах специализированных терминалов для перевалки ряда грузов, в настоящее время перевалка осуществляется через порты сопредельных государств;
высокий износ вспомогательного флота (более 30 лет);
необходимость формирования государственной политики, направленной на повышение экологической безопасности мореплавания при проведении погрузочно-разгрузочных работ на рейде;
экологические проблемы в морских портах, осуществляющих перевалку "грязных" насыпных грузов открытым способом.