Наличие фитосанитарного сертификата не исключает права Сторон проводить фитосанитарный контроль импортируемых подкарантинных грузов и принимать карантинные меры, предусмотренные фитосанитарными правилами страны-импортера.
Компетентные органы Сторон в случае нарушения фитосанитарных требований, выявленного в результате карантинного досмотра, имеют право на возврат груза экспортеру или на проведение обеззараживания, а в случае невозможности обеззараживания - на его уничтожение в соответствии с фитосанитарными правилами страны-импортера, и извещают об этом компетентные органы соответствующей Стороны, в том числе посредством электронного обмена данными.