2.1. Основной функцией ИСР является обеспечение оперативного информационного взаимодействия между федеральными и региональными органами управления государственной власти РФ (Госкомрыболовство и другие ведомства) и предприятиями - пользователями водных биоресурсов на основе:
- автоматизации процессов сбора, контроля, обработки и хранения промысловой информации, поступающей от ее первоисточников;
- создания единого информационного ресурса на базе общей системы промысловых показателей и протокола контроля их качества;
- автоматизированной защиты информационного ресурса ИСР от несанкционированного доступа;
- автоматизации процессов формирования и предоставления промысловой информации пользователям ИСР в различных разрезах, обеспечивающих оперативный ее анализ для принятия соответствующих управленческих решений.
2.2. В реализации функций ИСР, наряду с ее информационными центрами, принимают участие пользователи водных биоресурсов и промысловые суда персонального учета, Главрыбвод и его региональные управления, другие структурные подразделения Госкомрыболовства.