Возглавляет ОИЦ руководитель, который назначается и освобождается приказом ректора вуза-организатора, согласованного с Вузтелекомцентром и Центром "Информика". Руководитель ОИЦ организует его работу, подбирает кадры, представляет работников к назначению и увольнению руководству регионального центра информатизации или центра НИТ.
Руководитель ОИЦ несет полную ответственность за состояние и результаты деятельности ОИЦ.