Учет операций по поступлению средств и финансированию расходов Экологического фонда ведется с единого счета областного бюджета.
Отчет об исполнении сметы доходов и расходов Экологического фонда представляется распорядителем средств в Московскую областную Думу и центральный исполнительный орган государственной власти Московской области, исполняющий областной бюджет. Форма и содержание отчетности при исполнении сметы доходов и расходов Экологического фонда должны соответствовать формам и содержанию статей сметы доходов и расходов Экологического фонда, утверждаемой в составе закона Московской области об областном бюджете на соответствующий финансовый год.