Контроль за использованием средств Экологического фонда осуществляют Московская областная Дума, Губернатор Московской области, а также исполнительные органы государственной власти Московской области в соответствии с их полномочиями.
Ответственность за нецелевое использование средств Экологического фонда устанавливается в соответствие с законодательством Российской Федерации.