Сохранение взаимосвязанных, наиболее активных в экологическом отношении природных территориальных единиц экологического каркаса обеспечивает долгосрочное неограниченное во времени рациональное возобновимое природопользование и поддержание экологического баланса на региональном уровне. В структуре природно-экологического каркаса выделены территориальные единицы, различающиеся спецификой выполняемых природоохранных функций: ядра, ключевые территории, транзитные зоны, экологические коридоры и буферные территории.
Ядра экологического каркаса выполняют средообразующие, водорегулирующие, водоаккумулирующие функции, а также функции охраны и воспроизводства биоресурсов и поддержания биоразнообразия на региональном уровне. Это большие по площади (10-12 тыс.га) природные массивы, такие как Завидово, Черустинский лес, Журавлиная Родина, Чисменский массив и др.
Прочие ключевые территории обеспечивают стабильность природной среды за счет сохранения естественных связей основных звеньев геосистем на всем пространстве Московской области. Эти территории характеризуются относительно обедненным разнообразием биоты, имеют меньшую по сравнению с ядрами площадь, включают в себя водораздельные и склоновые массивы, поймы рек, болотные массивы, области питания подземных карбонов.
Транзитные территории и экологические коридоры связывают между собой ядра и ключевые территории в единую систему природных пространств, благодаря чему осуществляется биологический обмен между лесными, луговыми, водными экосистемами различного уровня. Транзитные территории - это, как правило, срединные участки крупных лесных массивов (шириной не менее 2-4 км), обеспечивающие миграции крупных копытных животных. Экологические коридоры представлены территориями природного и природно-антропогенного характера и выполняют главным образом транзитные и защитные функции. К ним относятся лесные долины, долины рек, ручьев, овраги, лощины, балки и прочие, а также полосы отчуждения коммуникаций и сооружений.
Буферные территории экологического каркаса представляют собой все остальные леса первой группы в пределах Московской области. Именно буферные территории и территории экологических коридоров непосредственно примыкают к застроенным территориям и испытывают значительные антропогенные нагрузки, что приводит к утрате и деградации природной среды. В первую очередь негативным процессам подвержены ландшафты в центральной части Московской области, где проживает большая часть населения, сконцентрирована большая часть производственных мощностей, транспортных и инженерных коммуникаций. Разрастание городов, срастание поселений, многочисленные изъятия земель под малоэтажную застройку, садовые товарищества, прокладка дорог и коммуникаций приводят к исчезновению лесных опушек, верховых и низинных болот, дроблению лесных массивов, качественному обеднению растительного и животного мира, изменению режима формирования грунтовых и поверхностных вод, развитию подтопления, обмелению малых рек.
Экологическое равновесие может быть достигнуто при оптимальном соотношении интенсивно эксплуатируемых, экстенсивно используемых и особо охраняемых территорий. С этой целью к жестким зонам экологического каркаса должно быть отнесено около 37% территории.