К границам Республики Коми примыкают две особо охраняемые природные территории регионального значения: природный парк "Полярно-Уральский" и заказник "Сынско-Войкарский".
Природный парк "Полярно-Уральский" образован 31 июля 2014 года, состоит из четырех кластеров ("Горнохадатинский", "Полярно-Уральский", "Собь-Райизский", "Ханмей-Пайпудынский") общей площадью 310 069,7 га, имеет биологический и геологический профиль.
Создан для сохранения и восстановления редких видов растений и животных, а также видов, ценных в хозяйственном, научном и культурном отношениях; сохранения уникальных и типичных природных комплексов, и объектов, достопримечательных природных образований; охраны популяций арктического гольца (Salvenius alpinus) в озерах Малое и Большое Щучье; формирования условий для регулируемого туризма и отдыха.
На территории природного парка "Полярно-Уральский" расположены уникальные природные объекты: крупные горные озера - Большое и Малое Щучьи, Большое Хадатинское.
Биологические объекты охраны, занесенные в Красные книги России (2001) и ЯНАО, а также списки МСОП: живородящая ящерица (Lacerta vivipara), сибирский углозуб (Salamandrella keyserlingii), серая жаба (Bufo bufo), росомаха (Gulo gulo), речная выдра (Lutra lutra), грязовик, краснозобая казарка (Rufibrenta ruficollis), пискулька (Anser erythropus), беркут (Aquila chrysaetos), орлан-белохвост (Heliaeetus albicilla), кречет (Falco rusticolus), сапсан (Falco peregrinus), серый сорокопут (Lanius excubitor excubitor), степной лунь (Circus macrourus), дупель (Gallinago media).
Геологические объекты охраны: памятник природы "Нырдвомен-Шор", вмещающий на своей территории выходы нефритов, жадеитов, яшм и др.; незамерзающие озера Ибей-То, озеро Большое Щучье, гору Пусь-Ерка, карстовые пещеры хребта "Янганэ-Пэ" являющиеся одними из самых северных карстовых объектов не только России, но и всего мира.
Исторические объекты представлены железной дорогой 501-й стройки и дорогой на молибденовый рудник Харбей.
К границе территории Республики Коми примыкают три кластера природного парка: участок "Собь-Райизский" (расположен на правобережье р. Соби, включает массив горы Поур-Кеу и большую часть массива Рай-Из), участок "Ханмей-Пайпудынский" (расположен на левобережье р. Соби) и "Горнохадатинский".
"Собь-Райизский" участок орографически на восемьдесят процентов представлен горным массивом Рай-Из с максимальными отметками до 1290 м (Пик Полярный), как с широко распространенными плоскими - "столовыми горами", так и участками альпийского рельефа. Преобладают крутопадающие склоны со скальными останцами и курумниками из мелких и среднеразмерных камней плитчатой и клиновидной формы. Характерны узкие межгорные долины, большие площади занимают каменные осыпи, скалы и обрывы.
"Ханмей-Пайпудынский" участок характеризуется наличием ярко выраженных горных хребтов субмеридионального простирания: Большого и Малого Пайпудынского хребтов на западе и горным хребтом, обрамляющим Харбейский блок, на востоке.
В системе геоботанического районирования территории этих участков находятся в пределах Полярно-Уральского округа моховых, лишайниковых и ерниковых тундр, а также разреженной растительности осыпей и скал.
Распространенным типом растительных сообществ являются лиственничные редколесья. Луга и болота представляют собой сомкнутые травяные и моховые сообщества на участках с достаточным и избыточным увлажнением. В долинах рек встречаются низинные болота, а большой болотистый участок, представляющий сочетание плоскобугристых и комплексных болот, находится на юге участка Полярно-Уральский в междуречье рек Собь и Хараматалоу.
Животный мир территории участков "Собь-Райизский" и "Ханмей-Пайпудынский" довольно многообразен. Здесь встречаются, как типичные сибирские, так и европейские виды. Фауна наземных позвоночных насчитывает 147 видов, из них на долю млекопитающих приходится 31 вид, в том числе 15 - объекты охоты. Класс птицы представлен 111 видами, в том числе объектов охоты - 29. Ихтиофауна парка природы насчитывает не менее 18 видов, относящихся к девяти семействам и пяти отрядам. В семействах Лососевые, Хариусовые, Щуковые, Керчаковые, Балиторовые и Тресковые представлено по одному виду. Наибольшее количество видов насчитывается в сем. Карповые и Сиговые.
Государственный природный заказник регионального значения "Сынско-Войкарский" создан 27 февраля 2017 года, площадь - 292 049 га, имеет биологический (зоологический) профиль. Заказник расположен на территории Шурышкарского района и состоит из двух участков (кластеров): "Пятиречьенский" и "Евригортский". К границам территории Республики Коми примыкают оба участка заказника.