В состав территории Ягоднинского муниципального округа Магаданской области входят:
1) городские населенные пункты: поселок Ягодное, поселок Бурхала, поселок Верхний Ат-Урях, поселок Дебин, поселок Оротукан, поселок Синегорье;
2) сельские населенные пункты: поселок им. Горького, поселок Полевой, поселок Сенокосный, поселок Спорное, поселок Стан Утиный, поселок Штурмовой, село Таскан, село Эльген.