Программа включает 4 подпрограммы, выделенные в соответствии с целью и задачами программы. Структура и перечень подпрограмм соответствует основным принципам водного законодательства:
- значимость водных объектов в качестве основы жизни и деятельности человека. Регулирование водных отношений осуществляется исходя из представления о водном объекте как о важнейшей составной части окружающей среды, среде обитания объектов животного и растительного мира, в том числе водных биологических ресурсов, как о природном ресурсе, используемом человеком для личных и бытовых нужд, осуществления хозяйственной и иной деятельности, и одновременно как об объекте права собственности и иных прав;
- приоритет охраны водных объектов перед их использованием. Использование водных объектов не должно оказывать негативное воздействие на окружающую среду.
Состав программы рассчитан на сохранение и восстановление водных объектов до состояния, обеспечивающего экологически благоприятные условия жизни населения.