Площадь: 81900 га.
Северная: от северо-западного угла квартала 1 Бондюжского участкового лесничества (Тимшерское (часть)) Чердынского лесничества по северным границам кварталов 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 до р. Чепец, далее по ее правому берегу вниз по течению до р. Тимшер, затем по правому берегу этой реки вниз по течению до р. Южная Кельтма, далее по ее правому берегу вниз по течению до р. Кама.
Восточная и южная: от устья р. Южная Кельтма по левому берегу р. Кама вверх по течению до административной границы Чердынского и Гайнского районов (юго-западный угол квартала Бондюжского участкового лесничества (Тимшерское (часть)) Чердынского лесничества).
Западная: от юго-западного угла квартала 48 Бондюжского участкового лесничества (Тимшерское (часть)) Чердынского лесничества по западным границам кварталов 48, 45, 38 до юго-восточного угла квартала 35, далее по южным границам кварталов 35, 34, 37, 36 Бондюжского участкового лесничества (Тимшерское (часть)) Чердынского лесничества, западным границам кварталов 36, 32, 30, 26, 24, 15, 11, 1 до северо-западного угла квартала 1 Бондюжского участкового лесничества (Тимшерское (часть)) Чердынского лесничества.
В границы заказника "Пернаты" не входит территория п. Чепец.