Муниципальное образование город Краснодар в транспортном отношении является центром территориально-транспортного комплекса Краснодарского края и входит в первую десятку стратегических транспортных узлов, обслуживающих транзитные грузопотоки и пассажиропотоки, следующие в направлении южных морских портов России и курортную зону Черноморского побережья. Через муниципальное образование город Краснодар проходят автомагистрали федерального значения, 5 направлений железных дорог. На востоке города находится международный аэропорт, на юге - речной грузовой порт.
На муниципальное образование город Краснодар возлагается функция основного логистического оператора на оконечном участке международных транспортных коридоров, в первую очередь, транспортной ветви от государственной границы с Финляндией и далее - г. Санкт-Петербург - г. Москва - г. Ростов-на-Дону - г. Краснодар - г. Новороссийск с ответвлением на г. Астрахань и выходом к южным воротам России - портам г. Новороссийска, г. Туапсе, г. Темрюка, г. Ейска, г. Сочи.
Одной из важнейших составных частей транспортной инфраструктуры муниципального образования город Краснодар является пассажирский транспорт общего пользования. Общая протяженность маршрутной сети по состоянию на август 2020 года (в прямом и обратном направлении маршрутов) составляет 4256,6 км, в том числе трамвайная сеть - 380,0 км, троллейбусная - 313,4 км, автобусная - 3563,2 км. Перевозка пассажиров в границах муниципального образования город Краснодар осуществляется по 116-ти муниципальным маршрутам регулярных перевозок, в том числе по 12-ти троллейбусным, 16-ти трамвайным и 88-и автобусным. Перевозку пассажиров по муниципальным маршрутам регулярных перевозок в границах муниципального образования город Краснодар (далее - муниципальные маршруты) осуществляют 23 хозяйствующих субъекта, в том числе 1 муниципальной формы собственности, 2 индивидуальных предпринимателя без образования юридического лица и 20 обществ с ограниченной ответственностью. Обслуживание сети автобусных перевозок по всему Северному Кавказу и за его пределами осуществляется АО "Кубаньпассажиравтосервис".
Автомобильный грузовой транспорт является одним из важнейших инструментов для решения социальных и экономических задач муниципального образования город Краснодар. Наряду с другими отраслями экономики он не только создает базовые условия деятельности предприятий и организаций, жизнедеятельности населения, но и обеспечивает полноценное участие Краснодарского края в экономике, торговле и в производственных процессах на внутрироссийском и международных уровнях. В муниципальном образовании город Краснодар зарегистрировано 1640 транспортных компаний, в том числе: перевозчиков - 1033, прямых грузовладельцев - 172, транспортно-экспедиционных компаний и диспетчеров - 318. Ежегодно через муниципальное образование город Краснодар перевозится свыше 7,0 млн тонн грузов автомобильным транспортом. При этом основная часть грузоперевозок приходится на транзитные перевозки.
Основным аэропортом муниципального образования город Краснодар является АО "Международный аэропорт "Краснодар" имени Екатерины II, который расположен на восточной окраине города в 12 километрах от центра. Сегодня АО "Международный аэропорт "Краснодар" является крупнейшим южным узловым аэропортом. Аэропорт обслуживает население Краснодарского края и Республики Адыгея, исключение составляют территории городов Анапы, Геленджика, Ейска, Сочи, Новороссийска и Туапсе.
В настоящее время в аэропорту Краснодара перевозки осуществляют около 40 авиакомпаний по 58 направлениям, 30 из которых - международные. Современное техническое оснащение аэропорта позволяет принимать самолеты современных типов: Boeing 737, 767, 787, Airbus А319, А320, А321, А330, оборудованные места стоянок способны размещать до 38 воздушных судов одновременно. Пропускная способность аэропорта составляет 1000 пассажиров в час на внутренних авиалиниях и 400 - на международных. Объем пассажирских перевозок АО "Международный аэропорт "Краснодар" имени Екатерины II в 2019 году превысил 4,6 млн человек.
Грузовой терминал аэропорта осуществляет услуги по обработке прибывающих/убывающих грузов с возможностью размещения и хранения на складах. Пропускная способность терминала - до 50 тонн в сутки. Грузовой терминал обеспечивает обработку всех видов грузов, в том числе и опасных.
В целях развития АО "Международный аэропорт "Краснодар" имени Екатерины II проводятся мероприятия, направленные на реализацию инвестиционного проекта по строительству нового аэровокзального комплекса площадью до 50 тыс. кв. м и пропускной способностью 1500 - 1600 пасс./час, строительству дополнительной взлетно-посадочной полосы, а также расширение возможности транспортной доступности зоны аэровокзала.
По территории ЮФО проходит южная железнодорожная магистраль страны - Северо-Кавказская железная дорога (далее - СКЖД), которая работает в статусе филиала Открытого акционерного общества "Российские железные дороги".
Краснодарский железнодорожный узел расположен в южной части города Краснодара, в него входят три городских вокзала:
"Краснодар I" - главный железнодорожный вокзал Краснодара и СКЖД, это узловая грузопассажирская железнодорожная станция первой категории, является точкой пересечения пяти направлений железнодорожных линий: "Усть-Лабинская - Кавказская", "Кореновск - Тихорецкая", "Тимашевская-I - Староминская-Тимашевская - Батайск", "Энем-I - Горячий ключ - Кривенковская - Туапсе-Пассажирская", "Энем-I - Абинская - Крымская".
Станция имеет четыре платформы, обслуживает пассажирские поезда дальнего следования, пригородное и скоростное пригородное сообщение. Пропускная способность станции - 36 составов в сутки и около 29160 пасс./сутки. Расчетная вместимость вокзала 2500 человек, пропускная способность - 720 чел./час.
"Краснодар II" - второй вокзал Краснодара, станция второй категории. Станция имеет две платформы и пять путей, обслуживает только пригородное железнодорожное сообщение, пассажирские поезда дальнего следования проходят без остановки, пропускная способность 12 составов в сутки и около 9720 пасс./сутки. Вместимость вокзала 138 человек, пропускная способность - 250 чел./час.
"Краснодар-Сортировочная" - грузопассажирская железнодорожная станция третьей категории, имеет две платформы и десять путей, пропускная способность 18 составов и 14 электропоездов в сутки.