Судоходство в Иркутской области осуществляется по внутренним водным путям Байкало-Ангарского и Ленского бассейнов. Общая протяженность внутренних водных путей, входящих в перечень внутренних водных путей Российской Федерации, утвержденный распоряжением Правительства Российской Федерации от 19 декабря 2002 года N 1800-р, на территории Иркутской области составляет 8 074 км, из них 4 039 км - с гарантированными габаритами судовых ходов. Внутренние водные пути обслуживаются ФБУ "Администрация Байкало-Ангарского бассейна" (3 998 км) и ФБУ "Администрация Ленского бассейна" (4 076 км). Основные судоходные пути Иркутской области проходят по озеру Байкал (1 137 км), Иркутскому водохранилищу (80 км), реке Ангара (140 км), Братскому водохранилищу (1 909 км), Усть-Илимскому водохранилищу (672 км), подходам и протокам (60 км) - в Байкало-Ангарском бассейне, а также по рекам Лена (1 238 км), Нижняя Тунгуска (957 км), Непа (532 км), Витим (455 км), Киренга (438 км), Жуя (236 км), Мама (110 км) и Чара (100 км), входящим в Ленский бассейн. Судоходных гидротехнических сооружений в Иркутской области нет, имеются речные порты: Иркутск, Братск, Байкал, Свирск в Байкало-Ангарском бассейне; Осетрово, Киренск, а также причал Усть-Кут (АО "АЛРОСА") в Ленском бассейне. Внутренний водный транспорт является составной частью транспортного комплекса, обеспечивающего реализацию северного завоза для Иркутской области и Республики Саха (Якутия).
В некоторых отдаленных территориях Иркутской области в силу их географического расположения в периоды снеготаяния, распутицы организовать регулярное пассажирское сообщение возможно только водным транспортом. Примером таких поселений являются поселения Дальний, Заморский Нижнеилимского района и поселения Добчур, Харанжино Братского района, поселение Паренда Чунского района.
Серьезным препятствием для обеспечения транспортного сообщения является старение флота и причальной инфраструктуры.
На территории Иркутской области расположено более ста причальных сооружений. Затраты на содержание причальных сооружений значительны и порой непосильны для собственников и эксплуатантов.
Серьезным препятствием для осуществления пассажирского сообщения водным транспортом является признание причальных сооружений, расположенных на остановочных пунктах социально значимых маршрутов внутреннего водного транспорта, не соответствующими требованиям безопасности судоходства, создающими угрозу причинения вреда жизни и здоровью людей, что приводит к сокращению остановочных пунктов по маршрутам.
В связи с тем, что в Иркутской области отсутствуют предприятия, осуществляющие перевозки пассажиров водным транспортом, которые имеют долю государственного участия в уставном капитале и пассажирский флот для осуществления перевозок внутренним водным транспортом, решения о необходимости обновления флота принимаются собственниками компаний с учетом их финансовых возможностей.
Большинство единиц флота, которыми осуществляются перевозки автотранспорта и пассажирские перевозки по воде силами муниципальных образований Иркутской области близки к аварийному состоянию либо имеют несоответствия требованиям ФАУ "Российский Речной Регистр". Эксплуатация таких судов запрещена. Обновление и содержание судов и иных объектов (плавучие объекты, причальная инфраструктура) внутреннего водного транспорта непосильно для муниципальных образований и требует поддержки от государства на региональном и федеральном уровнях, в том числе на осуществление межрегиональных перевозок.
Одним из актуальных трендов развития экономики Иркутской области является рост ее туристической привлекательности. Популярность озера Байкал привлекает туристов со всего мира. В связи с этим необходимо улучшить качество, экологичность, комфортабельность транспортных услуг, в том числе за счет:
обеспечения безопасности судоходства, которое напрямую зависит от состояния причальной инфраструктуры, расположенной на побережье озера и судов, курсирующих по водной глади Байкала;
развития субсидируемых межрегиональных перевозок внутреннего водного транспорта (маршруты между Иркутской областью и Республикой Бурятия по оз. Байкал, Республикой Саха (Якутия) по р. Лена).