Основными целями деятельности системы здравоохранения являются: снижение смертности населения, повышение ожидаемой продолжительности жизни, повышение удовлетворенности населения медицинской помощью благодаря улучшению качества и доступности медицинской помощи в городе Севастополе. Стратегические приоритеты, цели и показатели Программы декомпозированы до уровня города федерального значения Севастополя и взаимосвязаны со стратегическими приоритетами, целями и показателями государственной программы Российской Федерации "Развитие здравоохранения".
Также стратегические приоритеты, цели и задачи Программы связаны с соответствующими стратегическими приоритетами, целями и показателями государственной программы Российской Федерации "Социально-экономическое развитие Республики Крым и г. Севастополя".