Территория заказника охватывает участок реки Печоры, относящейся к Средне-Печорскому гидробиологическому району. На данном участке Печоры хорошо выражена пойма, местами ее ширина достигает 3 км. Ширина реки в межень составляет от 500 до 750 м. Русло реки сложено песчано-гравийно-галечными грунтами, на этом участке обычны подвижные песчано-галечные перекаты. Близ впадения р. Аранец имеется каменистый порог. Характерно наличие островов и сложной системы протоков и курий. Замерзает река в конце октября - начале ноября, вскрытие ото льда происходит в первой половине мая.
На сегодняшний день ихтиофауна бассейна среднего течения р. Печора включает в себя 26 видов рыб, из них 19 обитают (или мигрируют) на территории заказника, в том числе горбуша, семга, ряпушка, сиг-пыжьян, хариус, омуль, щука, окунь и другие. Из числа акклиматизированных видов рыб обычными здесь стали стерлядь и горбуша. Ранее на данном участке р. Печора встречались единичные экземпляры тайменя. К числу особо охраняемых видов относится нельма, занесенная в Красную книгу Республики Коми и Красную книгу Российской Федерации. К охраняемым объектам рыболовства относятся также сиговые, стерлядь, щука, язь - на них установлены минимальная промысловая мера и штрафы за незаконный вылов или уничтожение.
Ихтиофауну заказника можно условно разделить на аборигенную (постоянную - это язь, окунь, ерш, щука, плотва, гольян и хариус европейский), виды которой здесь обитают весь жизненный цикл, и временную. Временную ихтиофауну представляют виды, которые совершают по территории заказника миграции, прежде всего связанные с нерестом. К мигрирующим, проходным видам, встречающимся на территории заказника, относятся семга, горбуша и омуль. Эти виды используют данный участок реки в ходе нерестовой миграции к участкам размножения, расположенным в верхнем течении реки и притоках магистрального русла. Перемещение мигрантов к нерестилищам начинается практически сразу после весеннего ледохода и продолжается практически до ледостава.
Такие виды рыб, как нельма, ряпушка и сиг-пыжьян, являются полупроходными. Они нагуливаются в приустьевых пространствах рек, реже в озерах, связанных с нижним течением реки. Далее после периода нагула происходит миграция к местам нереста в верховьях северных рек. Остальные виды рыб, обитающие в данном районе, являются оседлыми и не совершают протяженных миграций.
Результаты исследований, проведенных Институтом биологии Коми НЦ УрО РАН, показали, что качество поверхностных вод в районе заказника остается высоким и акватория этого участка Печоры сохраняет свое значение для нагула и воспроизводства ценных промысловых видов рыб. Однако численность представителей местной ихтиофауны в современный период формируется под влиянием потребительского лова, который и является основным фактором риска.
Нерестоохранные полосы по обоим участкам реки Печора на территории заказника представляют собой местами возвышенные моренные равнины (дренированные приречные полосы), частично покрытые смешанной лесной растительностью. Почвы преимущественно аллювиальные болотные и аллювиальные дерново-глеевые.