Аквакультура является важнейшим направлением функционирования агропромышленного, рыбохозяйственного и природоохранного комплексов республики, обеспечивающих продовольственную безопасность региона и страны в целом.
Развитие аквакультуры в Республике Башкортостан направлено на решение следующих важнейших задач:
обеспечение населения продуктами питания животного происхождения;
увеличение трудозанятости населения, особенно в сельской местности и на прибрежных территориях;
снижение импортозависимости в поставках продовольствия;
сохранение запасов водных биологических ресурсов и биоразнообразия водных животных и растений в естественной среде обитания.
На территории региона рыбоводческую деятельность ведут 93 хозяйства частной формы собственности. Общая зеркальная площадь водоемов, находящихся в пользовании у рыбоводческих хозяйств, составляет 2237 га, расчетный улов (при минимальной рыбопродуктивности в 1500 кг/га) должен составить более 3300 т. Удельный вес Республики Башкортостан в общем объеме производства товарной рыбы по Российской Федерации составляет 0,9% (по Российской Федерации - 173,6 тыс. т, по Республике Башкортостан - 1,6 тыс. т).
В соответствии с соглашением между Федеральным агентством по рыболовству и Правительством Республики Башкортостан от 27 ноября 2018 года N П-076-09-2019-013 прирост товарной рыбы с 2019 года в 2020 году составил 50 т (2061 т в 2020 году).
В 2020 году была оказана государственная поддержка рыбоводческим хозяйствам республики по трем направлениям (приобретение специализированного рыбоводческого оборудования, комбикормов, рыбопосадочного материала), на это было направлено 23,4 млн. рублей из бюджета Республики Башкортостан.
На 1 января 2021 года объем изъятия (вылова) объектов товарной аквакультуры частными организациями составил 100%, то есть 2061 т в год (на 1 января 2020 года - 2011 т; на 1 января 2019 года - 1961 т) согласно методике расчета объема подлежащих изъятию объектов аквакультуры при осуществлении пастбищной аквакультуры, утвержденной Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 26 декабря 2014 года N 534.
Однако для развития рынка товарной аквакультуры необходимо решение следующих задач:
создать общереспубликанский реестр рыбохозяйственных водоемов с кадастровой оценкой их продуктивности;
провести паспортизацию всех имеющихся на территории региона водоемов и разграничить их по назначению (водоем используется для разведения видов, включенных в государственный реестр селекционных достижений, или для сохранения водных биологических ресурсов);
путем проведения мелиоративных и восстановительных работ вовлечь в рыбохозяйственный оборот все не используемые в настоящее время пруды комплексного назначения, в том числе закрепить водоемы за конкретными юридическими и физическими лицами путем передачи в пользование, аренду или собственность;