На 1 января 2021 года в Республике Башкортостан имелось 66 семеноводческих хозяйств, сертифицированных в системе добровольной сертификации "Россельхозцентр", из которых 2 предприятия являются федеральными (государственными), 1 предприятие - государственным предприятием Республики Башкортостан, остальные 63 организации - частной формы собственности.
Ежегодные объемы производства элитных семян семеноводческими хозяйствами находятся на уровне 30 - 34 тыс. т. Данного объема достаточно для научно обоснованных сортосмены и сортообновления, осуществляемых производственными предприятиями республики. В случае налаживания поставок семян в соседние регионы возможно увеличение объемов производства до 2-х раз - потенциал существующих семеноводческих хозяйств достаточен.
Существует ряд организационных и экономических проблем эффективного функционирования семеноводческих хозяйств:
нерациональное расположение семеноводческих хозяйств на территории региона - высокая концентрация в центральной части (Аургазинский, Илишевский, Кармаскалинский, Чекмагушевский и Чишминский районы) и низкая доля присутствия в южной и северной частях республики (всего 2 семеноводческих хозяйства в районах Зауралья с небольшими объемами производства);
низкая техническая оснащенность семеноводческих хозяйств, отрицательно сказывающаяся на качестве произведенных семян;
низкая доля семеноводческих хозяйств, производящих семена картофеля (4 хозяйства) и семена многолетних трав (3 хозяйства), востребованные населением республики.
При этом развитию предпринимательства на рынке семеноводства в наибольшей степени препятствует высокая затратность производства: строительство и ремонт хранилищ, приобретение и техническое обслуживание машин, тракторов, зерноочистительной техники, зерносушилок, фотосепараторов, селекционных сеялок и комбайнов. Кроме того, семенные посевы требуют интенсивного ухода, а для расширения рынков сбыта самостоятельных усилий семеноводческих хозяйств зачастую недостаточно.