На территории водоохранных зон в соответствии с Водным кодексом Российской Федерации устанавливается специальный режим осуществления хозяйственной и иной деятельности. В границах водоохранных зон устанавливаются прибрежные защитные полосы, на территориях которых вводятся дополнительные ограничения хозяйственной и иной деятельности. Специальный режим в водоохранных зонах устанавливается в целях предотвращения загрязнения, засорения, заиления указанных водных объектов и истощения их вод, а также сохранения среды обитания водных биологических ресурсов и других объектов животного и растительного мира.
Содержание специального режима в водоохранных зонах определено Водным кодексом Российской Федерации.
В соответствии с законодательством о рыболовстве и сохранении водных биологических ресурсов в целях сохранения условий для воспроизводства водных биоресурсов устанавливаются рыбоохранные зоны, на территориях которых вводятся ограничения хозяйственной и иной деятельности. Строительство и реконструкция объектов капитального строительства, осуществление иной хозяйственной деятельности, оказывающей воздействие на водные биологические ресурсы и среду их обитания, в рыбоохранной зоне должно согласовываться с территориальными органами Федерального агентства по рыболовству в соответствии с Правилами согласования Федеральным агентством по рыболовству строительства и реконструкции объектов капитального строительства, внедрения новых технологических процессов и осуществления иной деятельности, оказывающей воздействие на водные биологические ресурсы и среду их обитания, утвержденными постановлением Правительства Российской Федерации от 30.04.2013 N 384 "О согласовании Федеральным агентством по рыболовству строительства и реконструкции объектов капитального строительства, внедрения новых технологических процессов и осуществления иной деятельности, оказывающей воздействие на водные биологические ресурсы и среду их обитания".