Система водоотведения городского округа "город Якутск" состоит из хозяйственно-бытовой (централизованной) канализации.
Согласно пункту 4 постановления Правительства Российской Федерации от 31 мая 2019 года N 691 "Об утверждении Правил отнесения централизованных систем водоотведения (канализации) к централизованным системам водоотведения поселений или городских округов и о внесении изменений в постановление Правительства Российской Федерации от 5 сентября 2013 года N 782" централизованная система водоотведения (канализации) АО "Водоканал" относится к централизованным системам водоотведения поселений или городских округов.
Система канализации принята полная раздельная, при которой хозяйственно-бытовая сеть прокладывается для отведения стоков от жилой, общественной застройки и промышленных предприятий. Поверхностные стоки отводятся по самостоятельной сети дождевой канализации.
Производственные сточные воды, не отвечающие требованиям по совместному отведению и очистке с бытовыми стоками, должны подвергаться предварительной очистке.
Охват населения города Якутска централизованной системой канализации составляет 81,96%. Канализационные стоки от жилых домов и прочих зданий по самотечной канализации попадают на квартальные КНС, затем перекачиваются по напорным трубопроводам на канализационный коллектор N 1 и N 2, по которым попадают на ГНС-1, ГНС-2, ГНС-3 (главные насосные станции). Напорными трубопроводами от ГНС-1 и ГНС-2 стоки подаются на очистные сооружения канализации (СБОС).
Очистные сооружения города Якутска обеспечивают очистку хозяйственно-бытовых стоков с жилых и общественных зданий и учреждений. Сточные воды подвергаются механической, биологической очистке и обеззараживанию.
Все технологические процессы очистки сточных вод и обработки осадков автоматизированы и управляются с диспетчерского пункта при помощи компьютеров.
В микрорайоне Кангалассы на берегу реки Лена находятся биологические очистные сооружения канализации.