Актуальной проблемой города Якутска в водоснабжении является износ сетей, что является одним из причин аварийных ситуаций. Более 70% трубопроводов нуждаются в замене по причине физического износа труб и недостаточной производственной мощности. Причина недостаточной мощности связана с ограничением в объемах поставляемой воды из-за износа стальных труб и высокого уровня коррозии водоводов и отложением осадка. Прежде чем вода поступит до потребителя, она проходит как минимум через три ступени - магистральные, квартальные и внутридомовые трубопроводы. Таким образом, вода чистая только на выходе из магистральных труб Водоканала. Старые трубы сами на выходе загрязняют продукт.
Непростая сложилась ситуация в акватории водозаборных сооружений города Якутска. С 2005 года там происходят интенсивные отложения больших объемов песка. Со стороны острова "Новый", вниз по течению реки Лена образовалась песчаная коса. По мониторингам, проведенным с 2005 по 2010 годы, установлено, что коса приближается к водоприемным оголовникам со скоростью 100 п. м в год. Замеры, проведенные в октябре - ноябре 2010 года показали, что над водоприемным оголовником 1-ой очереди лежит песок толщиной 3 метра (при нормативе не более 1 метр), что значительно затрудняет фильтрацию воды. Образование песчаной косы угрожает отсечь подрусловые оголовники от основного русла реки, а также водозаборный ковш с насосной станцией 1 подъема введенный в 2018 году, что приведет к остановке работы водозаборных сооружений.