Важным фактором воздействия техногенно-антропогенных систем города Якутска и его пригородов на водные ресурсы является возрастающий забор воды на коммунально-бытовое, промышленное и сельскохозяйственное водоснабжение при низком уровне оборотного и повторного последовательного водопотребления.
Одновременно с ростом водопотребления увеличивается объем сточных вод, сбрасываемых в реку Лену. В связи с тем, что населенные пункты на территории администрации города Якутска практически не имеют нормативно работающих очистных сооружений канализации, увеличивается химическое, бактериологическое и тепловое загрязнение поверхностных водоемов, особенно реки Лена.
На качество воды поверхностных водоемов оказывают отрицательное влияние организованные и неорганизованные (аварийные) сбросы сточных вод различных предприятий.