Основную часть системы канализации составляют два параллельно идущих коллектора, проложенных в центральной части города под землей на глубине 14,5 метров.
Канализационные стоки от жилых домов и прочих зданий по самотечной канализации попадают на квартальные КНС, затем перекачиваются по напорным трубопроводам на канализационные коллекторы N 1 и N 2, по которым попадают на ГНС-1, ГНС-2, ГНС-3 (главные насосные станции). Напорными трубопроводами от ГНС-1 и ГНС-2 стоки подаются на очистные сооружения канализации.
Очистные сооружения города Якутска обеспечивают очистку хозяйственно-бытовых стоков с жилых и общественных зданий и учреждений. Сточные воды подвергаются механической, биологической очистке и обеззараживанию. Главный корпус имеет большую площадь более 19 тыс. кв. м, производительность равна 90 тыс. м3 в сутки.
В состав станции биологической стоков входят два объекта:
1. Цех очистки воды;
2. Цех обработки осадков.
Станция состоит из следующих узлов:
- камера гашения напора;
- механические решетки 2 шт. с прозором 6 мм (2 механизированные и 1 ручная);
- тангенциальные песколовки диаметром 4 м. с аэрацией - 2 шт.;
- горизонтальные первичные отстойники - 4 шт.;
- биореактор (аэротенки) в составе: 2 анаэробные зоны, 3 бескислородные зоны, 2 аэробные зоны с двойной перекачкой иловой смеси - 2 линии;
- горизонтальные вторичные отстойники - 6 шт.;
- скорые фильтры с песчаной загрузкой - 6 шт.;