К основным рискам реализации программы относятся следующие:
природно-климатические риски, обусловленные тем, что колебания погодных условий оказывают серьезное влияние на урожайность сельскохозяйственных культур и объемы их производства, что может значительно повлиять на степень достижения прогнозируемых показателей. Зависимость функционирования отрасли от природно-климатических условий также снижает ее инвестиционную привлекательность. Для снижения рисков от природно-климатических условий необходимы переход к новым технологиям, техническая модернизация, мелиорация земель и принятие дополнительных мер поддержки в особо неблагоприятные по природно-климатическим условиям годы;
макроэкономические риски, обусловленные неблагоприятной конъюнктурой мировых цен на отдельные товары российского экспорта и снижением возможности достижения целей по развитию подотрасли растениеводства, а также снижением темпов роста экономики и уровня инвестиционной активности, которые усилят зависимость их развития от государственных инвестиций.