Охраняемый природный комплекс в границах заказника представлен долиной реки Белая Кедва с типичными для Среднего Тимана и оригинальными для равнин Европейского Севера карстовыми формами ландшафта.
Растительность и почвенный покров в верхнем течении р. Белая Кедва подчинены зональным закономерностям. Наибольшую площадь здесь занимают лиственнично-еловые зеленомошно-долгомошные леса на болотно-подзолистых почвах и смешанные сосново-елово-лиственничные зеленомошные леса на глееподзолистых и подзолистых контактно-осветленных почвах. В среднем течении реки в полной мере проявляется своеобразие карстовых ландшафтов, растительный покров и почвы здесь отличаются значительной пестротой и своеобразием. Большой интерес представляют сухие карстовые долины притоков, исчезающие и восстанавливающиеся водотоки ручьев, останцы выветривания. На дне карстовых суходолов распространены первичные разнотравно-злаковые луга на дерновых луговых почвах, по краям - заросли березы приземистой и первичные березовые леса.
Флора и лихенобиота заказника отличаются высоким видовым разнообразием - здесь выявлено 334 вида сосудистых растений, 269 видов мохообразных, 248 таксонов лишайников. Наличие в границах заказника скалистых выходов коренных пород, представленных в основном известковистыми отложениями каменноугольной системы, и карстовых долин способствовало сохранению большого числа реликтов прошлых геологических эпох. Из них 56 видов растений, мхов и лишайников подлежат охране, еще 12 нуждаются в биологическом надзоре за численностью популяций. Известняки по р. Белая Кедва - единственное на европейском северо-востоке России место произрастания солнцецвета монетолистного. Только здесь на территории республики встречаются некоторые мхи - фиссиденс изящнолистный и ф. рыжеватый, тортелла наклоненная, цинодонциум шероховатолистный, зелигерия Дона и зелигерия крошечная. Карстовые долины являются местом сохранения крупных реликтовых популяций змееголовника Руйшиева и порезника густоцветкового.
Фауна трех основных отрядов насекомых (жесткокрылые (жуки), полужесткокрылые (клопы), двукрылые (мухи, комары, слепни) в заказнике насчитывает 124, 85 и 60 видов соответственно. Помимо названных групп насекомых здесь встречаются охраняемые представители отряда перепончатокрылые: шмель Шренка, ш. спорадический и ш. моховой.
Наземные позвоночные животные представлены 217 видами. Из 180 видов птиц, которых можно встретить на охраняемой территории, большинство является перелетными, лишь пятая часть обитает здесь круглогодично. Разнообразие экосистем и ландшафтов, отсутствие ощутимого влияния человека способствуют сохранению в заказнике редких и охраняемых видов. Здесь находятся места гнездований ныне повсеместно малочисленного лесного гуменника, отмечены такие охраняемые виды, как филин, неясыть бородатая. Скопа, редкая в других районах, в заказнике достаточно обычна.
На охраняемой территории обитают 33 вида млекопитающих. На лесных тропах, тянущихся по гребням увалов и склонов, и на берегах водоемов можно найти следы пребывания довольно многочисленных крупных хищников - волка и медведя бурого. В зимний период территория заказника является местом концентрации лося. В процессе сезонных перемещений сюда ежегодно заходят до нескольких десятков особей дикого подвида оленя северного, занесенного в Красную книгу Республики Коми (2019). Всего в границах заказника можно встретить порядка 10 охраняемых видов наземных позвоночных животных.
Рельеф территории представляет собой приподнятую волнисто-увалистую денудационную равнину с абсолютными отметками до 355 м над уровнем моря. В долине реки террасы почти не выражены. Подстилающие породы в верхнем и среднем течении представлены метаморфизованными сланцами, песчаниками и известняками девонской, каменноугольной и пермской систем, в нижнем течении глинами, песками, галечником и мергелями юрской и меловой системы. В верхнем и нижнем течении Белая Кедва имеет равнинный характер, в среднем течении русло реки стиснуто высокими коренными берегами с обнажениями известняков, и река приобретает горный характер.
В заказнике охраняются следующие типы ландшафтов - возвышенные равнины Тимана (дренированные приречные полосы и расчлененные участки междуречий).
Почвы преимущественно торфянисто-подзолисто-глееватые, встречаются также горные таежные кислые оподзоленные на известняках и других карбонатных породах.
Коренные породы территории представлены известняками, доломитами, известняковыми брекчиями, прослоями аргиллитов, реже песчаниками, алевролитами, аргиллитами с сидеритовыми конкрециями, прослои и пласты углей каменноугольной системы.