Среди наиболее весомых прямых и непрямых угроз биоразнообразию в современных условиях практически во всех странах мира выступают:
разрушение и фрагментация местообитаний растений и животных (включая вырубку лесов, пожары, создание водохранилищ, прокладку коммуникаций, добычу и переработку полезных ископаемых, замещение природных экосистем агро- и урбоэкосистемами);
химическое, физическое и биологическое загрязнение окружающей среды;
угрозы, связанные с высоким уровнем браконьерства и переэксплуатацией биологических ресурсов.
При этом первопричинами разрушения и фрагментации местообитаний являются:
занижение ценности биоразнообразия и экосистемных услуг, которые в массовом сознании традиционно воспринимаются "бесплатными" (стихийная рекреация; сбор ягод и грибов);
недооценка накопленных и косвенных последствий антропогенной деятельности для биоразнообразия и качества экосистемных услуг;
непонимание и недооценка стоимости мероприятий по поддержанию и восстановлению качества местообитаний и экосистем для сохранения экосистемных функций и получения экосистемных услуг;
приоритет экономических интересов над сохранением биоразнообразия.
Для ряда зональных экосистем, включая лесостепь, существует также угроза, связанная с трансформацией традиционного агроландшафта за счет сокращения эксплуатируемых пахотных земель, сенокосов и пастбищ и увеличения площади залежей и мелколесья с низким уровнем биоразнообразия.
При общем характере этих угроз конкретные природно-географические и социально-экономические условия определяют их приоритетность для организации охраны биоты и экосистем регионов, а также совокупность необходимых мер по сохранению регионального биоразнообразия.
Ключевыми факторами экологического риска, приоритетными для сохранения биоразнообразия региона, выступают:
высокий уровень концентрации промышленных предприятий;
развитие нефтегазового комплекса с возможными негативными последствиями разведки, добычи и транспортировки углеводородного сырья;