Основными рисками при реализации КПТО являются:
финансовый риск. Способом ограничения финансового риска является ежегодная корректировка мероприятий плана и показателей в зависимости от достигнутых результатов. В случаях меньшего по сравнению с планируемым объемом финансирования будут реализовываться отдельные мероприятия плана в пределах средств, полученных на их реализацию;
риск ухудшения темпов роста экономики и уровня инвестиционной активности, возникновения бюджетного дефицита, сокращения объемов финансирования мероприятий по развитию транспортного комплекса;
изменение по отношению к существующим ключевых условий финансирования пригородных железнодорожных перевозок на уровне Правительства Российской Федерации (затраты на инфраструктуру, налоговые преференции);
риск превышения фактического уровня инфляции по сравнению с прогнозируемым, ускоренного роста цен;
снижение численности потенциальных пользователей транспортных услуг;
риск неисполнения организациями своих обязательств.
Административный риск - невыполнение исполнителями плана мероприятий, что приведет к невыполнению целей и задач плана, обусловленный:
недостижением целевых показателей;
повышением вероятности неконтролируемого влияния негативных факторов на реализацию плана.
Способами ограничения административного риска являются:
регулярная и открытая публикация данных о ходе финансирования плана в качестве механизма, стимулирующего исполнителей плана выполнять принятые на себя обязательства;
обобщение и анализ опыта привлечения внебюджетных ресурсов.
Инфляция - макроэкономический показатель, связанный с возможностью снижения темпов роста экономики и уровня инвестиционной активности, кризиса банковской системы, возникновения бюджетного дефицита.